环境科学与工程系现有环境工程和环保设备工程两个专业。环境工程专业于1987年创建， 2003年获批环境工程硕士学位授予权，2008年批准为安徽省重点学科，2010年获批一级学科硕士点，2014年获批安徽省特色建设专业，2018年通过工程教育专业认证，依托冶金学科于2018年增设“冶金过程节能与环保”二级学科博士点，2019年获批省级一流专业建议点，2020年获批国家级一流专业建设点。本学科现有专任教师28人，其中教授5人，博导5人，硕导27人，具有海外经历8人，国务院政府特殊津贴专家2人、国家百千万人才1人。本学科建有国家级科研平台1个（国家金属矿山固体废物处理与处置工程技术研究中心（合建）），省部级科研平台2个（生物膜法水质净化及利用技术教育部工程研究中心、冶金减排与资源综合利用教育部重点实验室），与马钢合建安工大-马钢全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。近三年，主持国家自然科学基金（13项）、国家科技支撑计划项目（2项），科技部重点研发计划项目子课题（2项）、安徽省科技重大专项（1项）、省级课题和产学研合作项目等各类项目50余项，项目总经费1500余万元。发表高水平论文130余篇，其中SCI-Top 收录期刊论文数4篇，授权发明专利数23件，获省部级科技进步奖4项。

本学科以冶金污染治理为重点，辐射其它行业，形成了水污染控制与资源化、工业废气污染控制与超低排放、固体废物资源化和环境污染控制化学四个学科方向。利用校内冶金、材料、土木等多学科优势进行交叉融合，注重应用基础研究与技术开发相结合，在污水深度处理与回用、冶金工业烟气治理等领域形成优势与特色，开发了A³O泥膜耦合脱氮除磷技术、涡轮循环往复技术、仿生水草强化脱氮除磷等技术，并形成具有完全自主知识产权的“魔方舟”、“魔方格”技术产品，孵化安徽华骐环保科技股份有限公司并成功上市。

本学科以培养“厚基础、倡融合、重创新”、“德智体美劳全面发展”的社会主义建设者和接班人为导向，瞄准社会需求，发挥学校冶金行业优势，立足水污染控制与资源化、工业废气污染控制与超低排放等优势研究方向，培养具有严谨求实的科学态度和工作作风、扎实的环境科学工程基础理论和宽广的专业知识、较强的创新能力，掌握环境学科技术现状和发展趋势，具备从事相关科学研究工作或独立承担专门技术工作的能力，成为能适应科技进步和社会发展需要、具有创新精神和创造能力及创业素质的高层次人才。